創建の詳細は不明ですが、源義家の奥州征伐の際に当社の社頭で慰霊祈願を行い、甲冑を納めたと伝えられ、古くから聖地として崇められていました。その後、元亨2年（1322年）に領主の豊島氏が紀州熊野三社から王子大神を勧請し、改めて「若一王子宮」として奉斎し、熊野にならって景観を整えました。この地は「王子」と呼ばれるようになり、神社下を流れる石神井川もこの付近では特に音無川と呼ばれています。

戦国時代には、当地の領主となった小田原北条氏も当社を篤く崇敬し、朱印状を寄せて社領を安堵しました。徳川時代に入ると初代家康公は天正19年（1591年）に朱印地二百石を寄進し、将軍家祈願所と定めました。この二百石は当時としては広大な社領で、代々将軍の崇敬を受け、「王子権現」として江戸名所の1つとなりました。

三代家光公は寛永11年（1634年）に新たに社殿を造営し、林羅山に命じて縁起絵巻「若一王子縁起」三巻を作らせて当社に寄進しました。その後も、五代綱吉公が元禄16年（1703年）、十代家治公が天明2年（1782年）、十一代家斉公が文政3年（1820年）に造営修繕を行い、秀麗な権現造りの社殿が完成しました。境内には神門、舞殿などがあり、摂末社も17社を数えていました。

特に八代吉宗公は紀州徳川家の出自で、この地に紀州ゆかりの当社があることを喜び、元文2年（1737年）に飛鳥山を寄進し、多くの桜を植えて江戸庶民の遊楽地としました。これが現在の飛鳥山公園の基となり、桜の季節には多くの花見客で賑わっています。

明治元年、明治天皇は新たに首都となった東京を守護し、万民の安寧を祈るため、准勅祭社を定めました。当社も東京十社に選ばれ、以来、東京の北方守護として鎮座しています。戦前には「太田道灌雨宿りの椎」と伝えられる巨木や多くの樹木が茂り、勝海舟の修行話も伝えられていましたが、戦災でほとんど焼失しました。しかし、樹齢600年と伝えられる大イチョウの木が奇跡的に生き残り、東京都の天然記念物に指定されています。

戦後、氏子一同は復興に努め、昭和39年の第一期、昭和57年の第二期造営を経て、黒塗りと金箔を施した壮大な権現造りの社殿を再建し、現在の景観となっています。